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La théorie d'Un cours en miracles est fondée sur une métaphysique non duelle ; elle enseigne que l'univers physique (y compris le corps) n'a pas été créé par Dieu, et qu'en fait, il est apparu comme une attaque contre Dieu. Aucun système New Age ne soutiendrait cela ; ils enseignent tous le contraire.
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Un cours en miracles ne soutient pas la pensée associée à « l'esprit d'abondance », un principe prépondérant dans les systèmes de pensée du New Age.
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Dans presque tous les systèmes du New Age, l'accent est mis sur les expériences positives, et l'on fait peu de cas des sentiments inconscients de culpabilité. Un cours en miracles enseigne qu'il n'y a qu'un seul problème dans le monde : la culpabilité. Il se concentre principalement sur nos sentiments de culpabilité, en nous apprenant à les découvrir et à les laisser défaire.
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Un autre thème commun à de nombreux systèmes New Age est la croyance que nous sommes Dieu. Un cours en miracles insiste sur le fait que nous ne sommes pas Dieu ; il enseigne que Dieu est notre Source — nous avons été créés par Lui.
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Un cours en miracles se distingue des systèmes New Age en ce qu'il intègre les principes psychanalytiques freudiens dans un contexte philosophique de la tradition néoplatonicienne et des thèmes communs au christianisme des premiers siècles et aux systèmes gnostiques. Notre livre Love Does Not Condemn (ici →) propose une analyse approfondie de ces thèmes.